ต่างจากคำว่า "เขมร" และ "กัมพูชา" คำว่า "ขอม" ไม่ปรากฏในจารึกเขมรโบราณเลย ทั้งสมัยก่อนเมืองพระนคร (พุทธศตวรรษที่ 11-14) และสมัยเมืองพระนคร (พุทธศตวรรษที่ 15-19) มีหลายทฤษฎีเกี่ยวกับที่มาของคำนี้ มีการสันนิษฐานว่ามีที่มาจากคำว่า "กโรม (karom)" ในภาษาเขมรโบราณ ซึ่งตรงกับคำว่า "โกฺรม" (ក្រោម) ในภาษาเขมรปัจจุบัน ซึ่งอ่านว่า /kraom/ "กราวม์"
คำว่า "กโรม" มีความหมายหลักสองอย่าง อย่างแรกคือ "ลงไปต่ำ ใต้ ภายใต้ ต่ำกว่า ลง ผู้ต่ำกว่า" พบในจารึกเขมรโบราณสมัยเมืองพระนครหลายหลัก
จารึก K. 927 ใช้ว่า "โละ กโรํ ตนลฺ" แปลว่า "ลุใต้ถนน"
จารึก K. 262 ใช้ว่า "ปูชา วฺนํ กโรํ" แปลว่า "บูชาพนมใต้" (ปัจจุบันคือภูเขาพนมโกรม, ភ្នំក្រោម)
จารึก K. 873 ใช้ว่า "จํนต วนุร กโรมฺ" แปลว่า "จรดเนินทางใต้"
ความหมายที่สองของ "กโรม" คือ "ประเทศ ดินแดน เขต ดิน แผ่นดิน" พบในจารึกเขมรโบราณหลายหลักเช่นกัน
จารึก K. 426 ใช้ว่า "ทํริง กโรมฺ จํกา" แปลว่า "สวน เขตไร่"
จารึก K. 904 ใช้ว่า "โอย กโรํ ต มรตาญ" แปลว่า "ให้ที่ดินแก่มรตาญ" (ตำแหน่งขุนนางเขมรสมัยเมืองพระนคร)
จารึกภาษาเขมรโบราณในปราสาทบันทายสรี (ប្រាសាទបន្ទាយស្រី) K. 569 ใช้คำว่า "กโรม" ในความหมาย "แผ่นดิน" โดยเขียนว่า เป็น "ไผฺท กโรํ" คู่กับคำว่า "ไผฺท" (ផ្ទៃ) ซึ่งเป็นที่มาของคำว่า "ไผท" ที่มีใช้ในภาษาไทย แปลว่า "แผ่นดิน" เหมือนกัน ดังข้อความตอนหนึ่งว่า
"...อภิเษก ชา ยุวราช ปฺรโกป วฺระ ภควตี กมฺรเตง อญ ศฺรี ศฺรีนฺทฺร ภูเปศฺวรจูทา อคฺร (๕) มหิศี อคฺรราชปุตฺรี สํ ตก ทํงน ไผฺท กโรํ..." แปลว่า "...อภิเษกเป็นยุพราชประกอบพระภควตีกมรเตงอัญศรีศรีนทรภูเบศวรจุฑา อัครมเหสี อัครราชบุตรสมรับน้ำหนักของแผ่นดิน..."
คำว่า "กโรม" ในความหมายที่สองนี้ ภาษาเขมรปัจจุบันใช้ประกอบกับคำว่า "ไผฺท โกฺรม" (ផ្ទៃក្រោម) ซึ่งภาษาไทยรับมาใช้ในคำว่า "ไผทโกรม" แปลว่า พระเจ้าแผ่นดิน ส่วนคำว่า "โกฺรม" ในภาษาเขมรปัจจุบันนั้น แต่เดิมออกเสียงแยกเป็นสองพยางค์คือ "กโรม (karom)" อ่านว่า "กะโรม" ต่อมาจึงลดเสียงสระพยางค์หน้าจนกลายเป็นคำควบกล้ำ "กฺร" คำว่า "กโรม" จึงกลายเป็น "โกฺรม" ในภาษาเขมรปัจจุบัน
คำว่า "กโรม" ยังปรากฏในจารึกสุโขทัยด้วย โดยเฉพาะจารึกนครชุม (จารึกหลักที่ 3) พ.ศ. 1900 (ค.ศ. 1357) สมัยพระมหาธรรมราชาที่ 1 (พระยาลิไทย) มีข้อความว่า
"...คนทิพระบางกโรมในตินพิง..." คำว่า "กโรม" ในจารึกหลักนี้แปลว่า "ข้างใต้" ตรงกับความหมายในภาษาเขมรโบราณ
ศิลาจารึกหลักที่ 3 จารึกนครชุม ด้านที่ 2 (ภาพเต็ม) — ภาพจากบทความต้นฉบับหน้า 139
ภาพขยายบรรทัดที่ 27 ที่ปรากฏคำว่า "...กโรมในตีนพิงค์..." — ภาพจากบทความต้นฉบับหน้า 139
เมื่อคำว่า "กโรม" เข้าสู่ภาษาตระกูลไท ซึ่งบางถิ่นไม่มีเสียงพยัญชนะ "ร" จึงแปรเสียงเป็น "กะหลอม" แล้วกร่อนต่อมาเป็น "กล๋อม" และ "ขอม" ตามลำดับ สอดคล้องกับตำนานไทที่กล่าวว่ากลุ่ม "กล๋อม" เป็นคนที่อพยพขึ้นมาจากทางใต้
ส่วนคำว่า "ขอม" ที่ปรากฏในจารึกวัดศรีชุม (จารึกหลักที่ 2) ของสุโขทัยใช้อยู่ 2 บริบท บริบทแรกใช้ประกอบตำแหน่งขุนนางเขมรโบราณสมัยเมืองพระนคร เรียกรวมว่า "ขอมสบาดโขลญลำพง" ดังข้อความว่า
"...พ่อขุนบางกลางหาวแลขอมสบาดโขลญลำพงรบกนน ๐ พ่อขุนบางกลางหาวให้ไปบอกแก่พ่อขุนผาเมือง พ่อขุนผาเมือง...ขอมสบาดโขลญลำพง..พายพัง..."
บริบทที่สองใช้เรียกกลุ่มชนกลุ่มหนึ่ง ในช่วงที่จารึกกล่าวถึงพระมหาเถรศรีศรัทธาจุฬามุนีพยายามบูรณะพระธาตุหลวงที่ตั้งอยู่กลาง "นครพระกฤษณ์" ดังความว่า
"...พระศรีราชจุฬามุนีเป็นเจ้า พยายามให้ (แล้วเมื่อ) แล้วจึงก่ออิฐขึ้นเจ็ดวาสทายปูนแล้วบริบวรณ พระธาตุหลวงก่อใหม่เก่าด้วยสูงได้ร้อยสองวา ขอมเรียกพระธมนั้นแล..."
ผู้เขียนบทความต้นฉบับตั้งข้อสังเกตว่า การที่จารึกกล่าวว่า "ขอมเรียกพระธม" แสดงว่ากลุ่มชนที่ถูกเรียกว่า "ขอม" นี้น่าจะอาศัยอยู่บริเวณพระธาตุหลวง (สันนิษฐานว่าคือพระปฐมเจดีย์) จึงน่าจะหมายถึงคนไทยที่อาศัยอยู่ในลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาตอนล่าง มากกว่าจะหมายถึงชาวเขมรเมืองพระนครโดยตรง เพราะช่วงเวลานั้นอิทธิพลการปกครองของเขมรเมืองพระนครในลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาเสื่อมลงแล้ว และเป็นช่วงที่ศูนย์อำนาจใหม่อย่างกรุงศรีอโยธยาเพิ่งถือกำเนิดขึ้น คำว่า "ขอม" ในบริบทนี้จึงน่าจะหมายถึงกลุ่มคนที่ได้รับอิทธิพลวัฒนธรรมจากเขมรโบราณ มากกว่าจะเป็นชาวเขมรโดยสายเลือด ด้วยเหตุนี้จึงเรียกพระปฐมเจดีย์ว่า "พระธม" เพราะ "ธม (ธํ)" ตรงกับคำเขมร ធំ แปลว่า "ใหญ่" หรือ "หลวง"
นอกจากนี้จารึกสุโขทัยหลายหลักยังใช้คำว่า "ขอม" เป็นตัวแบ่งวัฒนธรรมการนับวัน ระหว่าง "หนขอม" กับ "หนไท" เช่นจารึกหลักที่ 102 (จารึกป้านางคำเยีย) กล่าวว่า
"(๒๘) ...ป้านางคำกระทำพระพิหารในปีมะแม มหาศักราชได้ ๑๓๐๑ ปี (๒๙) จุลศักราชได้ ๗๔๑ ปี เดือน ๑๑ แรม ๒ ค่ำ หนขอมวันพุธ (๓๐) หนไทวันเปิกสัน อันดีหนักหนา..."
ลักษณะการแบ่งวัฒนธรรมการนับวันเช่นนี้คล้ายคลึงกับจารึกล้านนาที่แบ่งระหว่าง "หนเม็ง" (การนับวันแบบมอญ) กับ "หนไท" คำว่า "ขอม" ในบริบทนี้จึงน่าจะมีความหมายเอนไปในทางวัฒนธรรมมากกว่าจะระบุกลุ่มชนอย่างชัดเจนเช่นคำว่า "ขอม" ในจารึกวัดศรีชุม