อีกประเด็นหนึ่งที่มักถูกมองข้ามและเข้าใจคลาดเคลื่อนไปพร้อมกับข้อกล่าวอ้างข้างต้น คือการเรียกระบบนับเลขเขมรว่าเป็นระบบฐานห้า (quinary system) ไปเสียทั้งระบบ ทั้งที่ในทางภาษาศาสตร์แล้ว สิ่งที่คำนับเลขเขมรมีอยู่จริงคือระบบฐานสิบซ้อนฐานย่อยห้า (quinary-decimal system หรือระบบ 5,10) ไม่ใช่ระบบฐานห้าล้วนๆ ซึ่งเป็นคนละเรื่องกัน
หลักการของระบบฐานใดก็ตามคือต้องมีการจัดกลุ่มค่าซ้อนกันไปเรื่อยๆตามเลขยกกำลังของฐานนั้น เช่นฐานสิบจัดกลุ่มเป็น 10, 100 (10²), 1000 (10³) ถ้าจะเป็นฐานห้าแท้จริง ก็ต้องจัดกลุ่มค่าต่อเนื่องเป็น 5, 25 (5²), 125 (5³) เช่นเดียวกัน แต่คำนับเลขเขมรใช้ตรรกะ "ห้าบวกเศษ" นี้เฉพาะในช่วงเลขโดด ๖ ถึง ๙ เท่านั้น พอถึงเลข ๑๐ ระบบก็เปลี่ยนไปนับแบบฐานสิบเต็มตัวทันที คือ ๑๐ ด็อบ ๒๐ มเพ็ย ๓๐ สามเสิบ ไปจนถึง ๑๐๐ โดยไม่มีการจัดกลุ่มค่าที่ ๒๕ หรือ ๑๒๕ ตามตรรกะฐานห้าต่อไปอีกเลย ดังจะเห็นได้จากเลข ๑๑ ถึง ๑๙ และ ๒๑ ถึง ๒๙ ในตารางที่ต้นบทความ ซึ่งเป็นเพียงการเอาคำนับเลขหลักสิบมาต่อกับคำนับเลขหน่วยเดิมตรงๆแบบฐานสิบทั่วไปเท่านั้น
ตัวอย่างระบบฐานห้าแท้ที่หาได้ยากยิ่ง
ระบบเลขฐานห้าล้วนๆที่จัดกลุ่มค่าต่อเนื่องเป็น 5, 25, 125 แบบนี้จริงๆนั้นหายากมากในภาษาบนโลกนี้ ตัวอย่างที่มีการบันทึกไว้ชัดเจนที่สุดคือภาษาซาราเบกา (Saraveca) ภาษาตระกูลอาราวะกันที่เคยพูดกันในประเทศโบลิเวียแต่สูญพันธุ์ไปแล้วหลัง ค.ศ. 1962 ซึ่งคำนับเลขแสดงตรรกะฐานห้าแท้อย่างชัดเจน เช่น ara-piaiče (5 แปลตรงตัวว่า "มือ") iñama no-kaxixi (10 แปลตรงตัวว่า "สองมือ") และ arapiaiče no-kaxixi (25 แปลตรงตัวว่า "ห้ามือ" คือ 5×5) ซึ่งแสดงการจัดกลุ่มซ้อนกันเป็นเลขยกกำลังของ 5 อย่างแท้จริง ไม่ใช่แค่นับห้าบวกเศษเหมือนเขมร
อีกกรณีหนึ่งที่ใกล้เคียงกันคือภาษากุมัตจ์ (Gumatj) ของชนพื้นเมืองทางตอนเหนือของออสเตรเลีย ซึ่งจอห์น แฮร์ริส (John Harris) นักภาษาศาสตร์ผู้ศึกษาระบบเลขของชนพื้นเมืองออสเตรเลียระบุว่าเป็นภาษาเดียวที่ยืนยันได้ว่ามีระบบ "5-25" แท้ คือใช้ 25 เป็นหน่วยกลุ่มถัดจาก 5 ในลักษณะเดียวกับซาราเบกา ทั้งสองกรณีนี้ถือเป็นข้อยกเว้นที่หาได้ยากยิ่งในภาษาโลก ต่างจากภาษาส่วนใหญ่ที่มีร่องรอยฐานย่อยห้า ซึ่งล้วนเป็นระบบฐานสิบหรือฐานยี่สิบซ้อนฐานย่อยห้าเท่านั้น ไม่ใช่ฐานห้าล้วนแบบนี้
ปรากฏการณ์ตรงข้ามที่ยืนยันหลักการเดียวกันนี้ให้เห็นชัดยิ่งขึ้น คือกรณีของภาษาฝรั่งเศส ซึ่งเป็นภาษาที่นับเลขด้วยฐานสิบเป็นหลักไม่ต่างจากภาษาส่วนใหญ่ในยุโรป แต่คำนับเลขช่วง 70 ถึง 99 กลับหลงเหลือร่องรอยของระบบฐานยี่สิบ (vigesimal) จากอิทธิพลภาษาถิ่นของชาวเคลต์ยุคก่อนโรมันครองอยู่ เช่น soixante-dix (๗๐ แปลตรงตัวว่า "หกสิบ-สิบ" คือ 60+10) quatre-vingts (๘๐ แปลตรงตัวว่า "สี่ยี่สิบ" คือ 4×20) และ quatre-vingt-dix (90 แปลตรงตัวว่า "สี่ยี่สิบ-สิบ" คือ 4×20+10) อย่างไรก็ตามร่องรอยฐานย่อยยี่สิบนี้ปรากฏอยู่แค่ในคำนับเลขช่วง 60 ถึง 99 เท่านั้น ไม่ได้ครอบคลุมทั้งระบบ ซ้ำร่องรอยนี้ก็ไม่ได้ปรากฏสม่ำเสมอในผู้พูดภาษาฝรั่งเศสทุกกลุ่มด้วยซ้ำ เพราะภาษาฝรั่งเศสในเบลเยียมและสวิตเซอร์แลนด์ใช้คำแบบฐานสิบล้วนคือ septante (70) และ nonante (90) แทน นี่จึงเป็นสถานการณ์ที่ตรงข้ามกับเขมร แต่ชี้ไปยังข้อสรุปเดียวกัน กล่าวคือ แม้จะมีร่องรอยฐานย่อยแทรกอยู่ในคำนับเลขเพียงบางช่วง แต่โดยพื้นฐานแล้วก็ยังเป็นฐานสิบ
ดังนั้นคำว่า "ฐานห้า" ที่มักใช้เรียกระบบนับเลขเขมรจึงเป็นการใช้ศัพท์อย่างไม่รัดกุมนักในทางภาษาศาสตร์ สิ่งที่เขมรมีจริงคือระบบฐานสิบซ้อนฐานย่อยห้าเฉพาะในช่วงเลขโดดเดียวเท่านั้น เช่นเดียวกับที่ภาษาฝรั่งเศสมีฐานสิบที่มีฐานย่อยยี่สิบแทรกอยู่เฉพาะบางช่วง ส่วนระบบฐานห้าแท้ๆที่จัดกลุ่มต่อเนื่องเป็น 5, 25, 125 อย่างซาราเบกาหรือกุมัตจ์นั้น ปัจจุบันแทบไม่มีใครใช้งานกันอย่างแพร่หลายอีกแล้ว ความคลาดเคลื่อนในการใช้ศัพท์นี้เองก็เป็นอีกชั้นหนึ่งของความเข้าใจผิดที่ซ้อนอยู่ในข้อกล่าวอ้างเรื่องเลขเขมรตั้งแต่ต้น